Als Falun Gong immer populärer wurde, zeigten sich erste Anzeichen der Unterdrückung. Kurz nachdem Falun Gong-Bücher in den Bestsellerlisten erschienen, wurde deren Veröffentlichung am 24. Juli durch eine interne Anweisung des chinesischen Büros für Nachrichtenveröffentlichung, einer Einrichtung des Propagandaministeriums, verboten. Das Dokument beschuldigte Falun Gong „der Verbreitung von Aberglauben“. Der erste große staatlich gelenkte Zeitungsartikel, der Falun Gong kritisierte, erschien am 17. Juni 1996 in der Guangming Daily.

Die Staatssicherheit führte eine Untersuchung durch, ob Falun Gong als „böse Sekte“ eingestuft werden sollte. Das Ergebnis lautete hingegen: „Keine Beweise gefunden.“

Das Erste Büro des Ministeriums für Öffentliche Sicherheit veröffentlichte das Dokument 555 mit dem Titel „Nachricht über die Untersuchung von Falun Gong“, welches behauptete, dass Falun Gong eine bösartige Sekte sei. Das Ministerium startete eine Reihe von Untersuchungen, um Beweise für diese Behauptung zu finden. Die Vorgehensweisen umfassten Abhören von Telefonaten, Überwachung von Falun Gong-Praktizierenden, Wohnungsdurchsuchungen und Beschlagnahme von persönlichen Gegenständen. Die Polizei schikanierte Praktizierende auf verschiedene rechtswidrige Art wie etwa das Stören von morgendlichen Übungsgruppen in den öffentlichen Parks mit Wasserwerfern oder das Schließen verschiedener Übungsplätze. In einigen Gegenden wurden Wohnungen geplündert.

Nachdem er mit besorgten Briefen überschwemmt worden war, initiierte Qiao Shi, der gerade seine Amtszeit als Vorsitzender des Stehenden Ausschusses des Nationalen Volkskongresses und Mitglied des Politbüros beendet hatte, eine eigene Untersuchung der Vorwürfe des Dokumentes 555. Daran beteiligten sich andere hochrangige Mitglieder des Kongresses. Nach Monaten kam die Untersuchung zu dem Schluss, dass „Falun Gong Hunderte Vorteile für das chinesische Volk und die Nation bringt, aber keinerlei Schaden“.

Die Nationale Sportkommission Chinas rief eine eigene Untersuchung von Falun Gong ins Leben. Der Leiter der Untersuchung erklärte am 20. Oktober: „Wir sind davon überzeugt, dass die Übungen und die Effekte von Falun Gong exzellent sind. Die Praktik trägt nicht nur zur Erhaltung bzw. Verbesserung der Gesundheit bei, sondern auch enorm zur Steigerung der Stabilität der Gesellschaft und der Ethik. Dies sollte förmlich bekräftigt werden.“

Eine Studie der chinesischen Staatlichen Sportkommission schätzte, dass in China über 70 Millionen Personen Falun Gong praktizieren.

In staatlichen Medien erschienen Angriffe auf Falun Gong, obwohl parallel dazu positive Berichterstattungen ausgestrahlt wurden. Dies deutete auf eine interne Spaltung der chinesischen politischen Führung hin. Falun Gong-Praktizierende reagierten auf diese Kritik mit Besuchen und Petitionen vor den Niederlassungen der Zeitungen bzw. Fernsehsender und baten um eine objektive Berichterstattung. Dies geschah in Peking, Tianjin, Guangzhou und anderen großen Städten.

Ein Beamter der chinesischen Nationalen Sportkommission deutete in einem Gespräch mit US News & World Report an, dass etwa 100 Millionen Menschen in China angefangen hätten, Falun Gong zu praktizieren. Der Beamte hob die Höhe der Kosten hervor, die Chinas nationales Gesundheitssystem durch diese Praktik einspare und sagte: „Premierminister Zhu Rongji ist darüber sehr erfreut.“

He Zuoxiu, ein bekannter Marxist und Atheist, verunglimpfte Falun Gong und Qigong in einem Hochschulmagazin in Tianjin. Lokale Falun Gong-Praktizierende versammelten sich in Tianjin, um die Redaktion des Magazins zu bitten, den Schaden, der Falun Gong zugefügt worden war, zu beheben.

Obwohl die Versammlung friedlich verlief, wurde am 23. und 24. April die Bereitschaftspolizei mobilisiert. 45 Praktizierende wurden festgenommen und einige sogar geschlagen. Als Falun Gong-Praktizierende bei den örtlichen Behörden vorsprachen, die eingesperrten Praktizierenden wieder freizulassen, wurde ihnen gesagt, dass die Befehle aus Peking kämen; falls sie also um die Freilassung bitten wollten, müssten sie dort vorstellig werden.

Am folgenden Tag, dem 25. April 1999, versammelten sich Praktizierende aus Peking, Tianjin und anderen Städten der Region vor dem Staatsratsbüro für Petitionen in Peking. Dieses Büro liegt direkt neben Zhongnanhai, dem Wohnbezirk der Führungsebene der Kommunistischen Partei Chinas. Die Bittsteller kamen, um ihre Sorge über die Festnahmen und Misshandlungen am Vortag in Tianjin auszudrücken und baten um die Freilassung der dort Verhafteten. Sie ersuchten gleichzeitig darum, das Verbot der Falun Gong-Bücher aufzuheben und in Zukunft Falun Gong ohne weitere staatliche Beschränkung ausüben zu dürfen.

In einer offensichtlich von langer Hand geplanten Aktion wurden die Petitionäre von den Sicherheitskräften zum Regierungsviertel Zhongnanhai geleitet. Auf diese Weise versammelten sich dort ca. 10.000 Falun Gong-Praktizierende. Im Gegensatz zu späteren Vorwürfen der Partei, Falun Gong-Praktizierende hätten Zhongnanhai „belagert“, war diese Versammlung tatsächlich äußerst friedlich und geordnet verlaufen.

Der damalige Premierminister Zhu Rongji sprach mit Falun Gong-Vertretern. Bis zum Ende des Tages waren alle in Tianjin Verhafteten freigelassen und die Versammlung friedlich aufgelöst.

Nach wenigen Stunden trat jedoch der damalige Parteichef Jiang Zemin der beschwichtigenden Haltung Zhu Rongjis entgegen und erklärte, dass die Partei sich lächerlich mache, wenn sie Falun Gong nicht besiegen könne.

In einem Artikel der Associated Press wurde geschrieben, dass Falun Gong größer wäre als die Kommunistische Partei, laut der staatlichen Sportverwaltung mindestens 70 Millionen“. In zwei Artikeln der New York Times am folgenden Tag wurde die Zahl von 70 Millionen auch erwähnt, die Zeitung berief sich dabei auf Angaben der chinesischen Regierung. In diesem Artikel hieß es, dass diese Gruppe „selbst nach den Schätzungen der chinesischen Regierung mehr Praktizierende hat, als die Kommunistische Partei Mitglieder.“

Auf Geheiß Jiang Zemins, des Vorsitzenden der Kommunistischen Partei Chinas, wurde das Büro 610 gegründet mit der Aufgabe, die umfassende Verfolgung von Falun Gong zu planen, zu organisieren und durchzuführen. Jiang gewährte dem Büro 610 die Gewalt über sämtliche lokale Ebenen der Polizei, der Verwaltung und der Justiz. Das Büro 610 wurde später zum primären Instrument für die Verhaftung, Folter und Tötung von Falun Gong-Praktizierenden.

Am 20. Juli 1999 wurde Falun Gong offiziell von der Kommunistischen Partei Chinas verboten.

Über die Zeitspanne zwischen dem 25. April (Tag der Versammlung für die Petition in Peking) bis Mitte Juli berichteten Praktizierende, dass sie von Polizisten in ziviler Kleidung verfolgt und vernommen wurden, während Mitarbeiter der Kommunistischen Partei Listen von Praktizierenden erstellten und die letzten Vorbereitungen für das Verbot von Falun Gong trafen.

Am 20. Juli 1999 begannen Polizeibeamte in ganz China, Praktizierende, die sie als Schlüsselpersonen betrachteten, festzunehmen und deren Wohnungen zu plündern. Am 22. Juli 1999 startete ein Medienkrieg. Radio- und Fernsehsendungen sowie das Internet und die Zeitungen brachten Angriffe auf Falun Gong. Lautsprecherwagen fuhren durch die Straßen der Städte und über die Campusse der Universitäten und informierten die Menschen darüber, dass das Praktizieren von Falun Gong ab sofort verboten ist. Eingeschlossen war das Verbot, sich zu versammeln (Link zum Bericht).

Es erfolgten massenhaft Verhaftungen, Plünderungen von Wohnungen, Entführungen und Beschlagnahme von Falun Gong-Büchern und Info-Materialien. Zeitgleich wurde eine landesweite Anti-Falun-Gong-Propagandakampagne gestartet.